SECIS element
http://dbpedia.org/resource/SECIS_element an entity of type: WikicatCis-regulatoryRNAElements
SECIS元件全稱為硒半胱氨酸插入序列（SElenoCysteine Insertion Sequence），是生物mRNA中一個長約60nt的RNA元件，次級結構為一莖環 ，此元件會使核糖體轉譯時不將UGA當作終止密碼子，而將其作為編碼特殊胺基酸硒半胱氨酸的密碼子，因此為編碼硒蛋白的mRNA所需。三域生物皆有SECIS元件，雖皆為莖環結構，但彼此序列差異很大（不過的SECIS元件序列和真核生物的較為接近），細菌的SECIS元件通常緊跟在UGA密碼子之後，真核生物與古菌的SECIS元件則位於mRNA的3'非轉譯區，可使mRNA中多於一個UGA密碼子編碼硒半胱氨酸，另外已知甲烷球菌屬的一種古菌具有位於5'非轉譯區的SECIS元件。真核生物的SECIS元件通常有特殊的A：G鹼基配對，可能對其功能相當重要。SECIS元件結合蛋白2（SECIS-binding protein 2，簡稱SBP2）可與SECIS元件結合以促進UGA密碼子編碼硒半胱氨酸，並可避免mRNA被無義介導的mRNA降解（NMD）途徑降解移除。 目前已有數個生物資訊學軟體可用於尋找基因組中的SECIS元件，有助於尋找新的硒蛋白。
rdf:langString
En biologia, l'Element SECIS (de l'anglès, SECIS: selenocysteine insertion sequence) és un motiu estructural (o seqüència de nucleòtids) de l'ARN missatger que fa que, davant la presència d'un codó UGA, la cèl·lula insereixi una selenocisteïna a la seqüència proteica que s'estigui traduint. El codó UGA, sense la presència de l'Element SECIS, fa que s'aturi la traducció. En Eubacteria l'Element SECIS es troba poc després del codó UGA. En canvi, en archea i eucariotes, aquest element es troba en el segment de l'ARN missatger i pot afectar, en aquest cas, a més d'un codó UGA.
rdf:langString
Un élément SECIS, de l'anglais selenocysteine insertion structure, est un d'ARN messager long d'une soixantaine de nucléotides caractérisé par sa forme en épingle à cheveux, ou « tige-boucle ». Cette structure tridimensionnelle particulière conduit les ribosomes à traduire le codon UGA par un acide aminé, la sélénocystéine, alors qu'il s'agit normalement du codon-STOP Opale dans le code génétique. Les éléments SECIS sont donc indispensables à la synthèse des sélénoprotéines, essentiellement des enzymes de la famille des oxydo-réductases.
rdf:langString
In biology, the SECIS element (SECIS: selenocysteine insertion sequence) is an RNA element around 60 nucleotides in length that adopts a stem-loop structure. This structural motif (pattern of nucleotides) directs the cell to translate UGA codons as selenocysteines (UGA is normally a stop codon). SECIS elements are thus a fundamental aspect of messenger RNAs encoding selenoproteins, proteins that include one or more selenocysteine residues.
rdf:langString
SECIS-элеме́нт (от англ. selenocysteine insertion sequence — последовательность вставки селеноцистеина) — участок РНК длиной около 60 нуклеотидов, формирующий шпилькообразную структуру. Этот (набор нуклеотидов) заставляет стоп-кодон UGA кодировать селеноцистеин. Поэтому элемент SECIS является неотъемлемым элементом мРНК, кодирующих селенопротеины (белки, содержащие один или более остатков селеносодержащей аминокислоты селеноцистеина). Элемент SECIS обнаружен у самых разнообразных организмов из всех трёх доменов жизни, а также их вирусов.
rdf:langString
SECIS-елемент (англ. SECIS: selenocysteine insertion sequence – послідовність вставки селеноцистеїну) — послідовність РНК завдовжки близько 60 нуклеотидів, що має характерну вторинну структуру типу «шпилька». Цей структурний мотив є сигналом для трансляційного апарату клітини завдяки якому під час біосинтезу білка стоп-кодон UGA розпізнається як смисловий кодон селеноцистеїну. SECIS-елементи необхідні для правильної трансляції мРНК що кодують селен-вмісні білки, тобто такі білки що містять один або більше залишків селеноцистеїну.
rdf:langString
rdf:langString
Element SECIS
rdf:langString
Élément SECIS
rdf:langString
SECIS element
rdf:langString
SECIS-элемент
rdf:langString
SECIS元件
rdf:langString
SECIS-елемент
rdf:langString
SECIS element 1
rdf:langString
SECIS element 2
rdf:langString
SECIS element 3
rdf:langString
SECIS element 4
rdf:langString
SECIS element 5
rdf:langString
Selenocysteine insertion sequence 1
xsd:integer
345929
xsd:integer
1077172912
rdf:langString
SECIS
rdf:langString
Predicted secondary structure and sequence conservation of SECIS_1. Letters correspond to the IUPAC notation system for nucleotides.
rdf:langString
RF00031
rdf:langString
RF01988
rdf:langString
RF01989
rdf:langString
RF01990
rdf:langString
RF01991
rdf:langString
SECIS_1
rdf:langString
En biologia, l'Element SECIS (de l'anglès, SECIS: selenocysteine insertion sequence) és un motiu estructural (o seqüència de nucleòtids) de l'ARN missatger que fa que, davant la presència d'un codó UGA, la cèl·lula insereixi una selenocisteïna a la seqüència proteica que s'estigui traduint. El codó UGA, sense la presència de l'Element SECIS, fa que s'aturi la traducció. En Eubacteria l'Element SECIS es troba poc després del codó UGA. En canvi, en archea i eucariotes, aquest element es troba en el segment de l'ARN missatger i pot afectar, en aquest cas, a més d'un codó UGA. L'element SECIS està definit per unes seqüències característiques (nucleòtids situats en llocs concrets) i per una característica estructura secundària. Aquesta estructura secundària és fruit de l'aparellament de bases de l'ARN missatger. En eucariotes, l'element SECIS conté aparellament de bases no canònics A-G, gens comuns en la natura i que són crítics per a la funció d'aquest element. En el camp de la bioinformàtica s'han desenvolupat molts programes per buscar l'element SECIS en les seqüències del genoma. Aquests programes se solen fer servir per identificar selenoproteïnes.
rdf:langString
Un élément SECIS, de l'anglais selenocysteine insertion structure, est un d'ARN messager long d'une soixantaine de nucléotides caractérisé par sa forme en épingle à cheveux, ou « tige-boucle ». Cette structure tridimensionnelle particulière conduit les ribosomes à traduire le codon UGA par un acide aminé, la sélénocystéine, alors qu'il s'agit normalement du codon-STOP Opale dans le code génétique. Les éléments SECIS sont donc indispensables à la synthèse des sélénoprotéines, essentiellement des enzymes de la famille des oxydo-réductases. Chez les bactéries, les éléments SECIS apparaissent peu après les codons UGA dont ils altèrent la traduction. Chez les archées et chez les eucaryotes, ils se trouvent dans la région 3'-terminale des ARN messagers et peuvent affecter le sens de plusieurs codons UGA. L'un de ces éléments SECIS se trouve dans la région 5'-terminale chez Methanococcus, du phylum des Euryarchaeota. La structure secondaire particulière des éléments SECIS découle d'une séquence de bases nucléiques présentant certaines caractéristiques distinctives autorisant cette configuration spatiale déterminante, notamment des appariements atypiques entre paires de bases puriques — guanine et adénine — qui sont essentiels au bon fonctionnement de l'élément SECIS.
rdf:langString
In biology, the SECIS element (SECIS: selenocysteine insertion sequence) is an RNA element around 60 nucleotides in length that adopts a stem-loop structure. This structural motif (pattern of nucleotides) directs the cell to translate UGA codons as selenocysteines (UGA is normally a stop codon). SECIS elements are thus a fundamental aspect of messenger RNAs encoding selenoproteins, proteins that include one or more selenocysteine residues. In bacteria the SECIS element appears soon after the UGA codon it affects. In archaea and eukaryotes, it occurs in the 3' UTR of an mRNA, and can cause multiple UGA codons within the mRNA to code for selenocysteine. One archaeal SECIS element, in Methanococcus, is located in the 5' UTR. The SECIS element appears defined by sequence characteristics, i.e. particular nucleotides tend to be at particular positions in it, and a characteristic secondary structure. The secondary structure is the result of base-pairing of complementary RNA nucleotides, and causes a hairpin-like structure. The eukaryotic SECIS element includes non-canonical A-G base pairs, which are uncommon in nature, but are critically important for correct SECIS element function. Although the eukaryotic, archaeal and bacterial SECIS elements each share a general hairpin structure, they are not alignable, e.g. an alignment-based scheme to recognize eukaryotic SECIS elements will not be able to recognize archaeal SECIS elements. However, in Lokiarcheota, SECIS elements are more similar to eukaryotic elements. In bioinformatics, several computer programs have been created that search for SECIS elements within a genome sequence, based on the sequence and secondary structure characteristics of SECIS elements. These programs have been used in searches for novel selenoproteins.
rdf:langString
SECIS-элеме́нт (от англ. selenocysteine insertion sequence — последовательность вставки селеноцистеина) — участок РНК длиной около 60 нуклеотидов, формирующий шпилькообразную структуру. Этот (набор нуклеотидов) заставляет стоп-кодон UGA кодировать селеноцистеин. Поэтому элемент SECIS является неотъемлемым элементом мРНК, кодирующих селенопротеины (белки, содержащие один или более остатков селеносодержащей аминокислоты селеноцистеина). У бактерий элемент SECIS располагается почти сразу после кодона UGA, на который он воздействует. У архей и эукариот он находится в 3'-нетранслируемой области (англ. 3' untranslated region, 3' UTR) мРНК, и один элемент SECIS может заставить несколько UGA-кодонов кодировать селеноцистеин. У одного рода архей, , элемент SECIS расположен в 5'-нетранслируемой области (англ. 5' untranslated region, 5' UTR). Элемент SECIS можно отличить по характерной последовательности нуклеотидов, то есть в нём определённые нуклеотиды занимают строго определённые места, а также характерной вторичной структуре. Вторичная структура обусловлена образованием водородных связей между комплементарными азотистыми основаниями, в результате чего формируется структура, похожая на шпильку. Эукариотический SECIS содержит неканонические пары A-G, которые редки в природе, однако чрезвычайно важны для нормального функционирования SECIS. Хотя и у эукариот, и у архей, и у бактерий SECIS имеет характерную форму шпильки, они не совмещаются друг с другом, то есть порядок расположения нуклеотидов, характерный для эукариотических SECIS, не является таковым для SECIS архей. Было создано несколько компьютерных программ для поиска элемента SECIS в геноме, их работа основана на поиске специфических последовательностей и элементов вторичной структуры. Эти программы были использованы для поиска новых селенопротеинов. Элемент SECIS обнаружен у самых разнообразных организмов из всех трёх доменов жизни, а также их вирусов.
rdf:langString
SECIS元件全稱為硒半胱氨酸插入序列（SElenoCysteine Insertion Sequence），是生物mRNA中一個長約60nt的RNA元件，次級結構為一莖環 ，此元件會使核糖體轉譯時不將UGA當作終止密碼子，而將其作為編碼特殊胺基酸硒半胱氨酸的密碼子，因此為編碼硒蛋白的mRNA所需。三域生物皆有SECIS元件，雖皆為莖環結構，但彼此序列差異很大（不過的SECIS元件序列和真核生物的較為接近），細菌的SECIS元件通常緊跟在UGA密碼子之後，真核生物與古菌的SECIS元件則位於mRNA的3'非轉譯區，可使mRNA中多於一個UGA密碼子編碼硒半胱氨酸，另外已知甲烷球菌屬的一種古菌具有位於5'非轉譯區的SECIS元件。真核生物的SECIS元件通常有特殊的A：G鹼基配對，可能對其功能相當重要。SECIS元件結合蛋白2（SECIS-binding protein 2，簡稱SBP2）可與SECIS元件結合以促進UGA密碼子編碼硒半胱氨酸，並可避免mRNA被無義介導的mRNA降解（NMD）途徑降解移除。 目前已有數個生物資訊學軟體可用於尋找基因組中的SECIS元件，有助於尋找新的硒蛋白。
rdf:langString
SECIS-елемент (англ. SECIS: selenocysteine insertion sequence – послідовність вставки селеноцистеїну) — послідовність РНК завдовжки близько 60 нуклеотидів, що має характерну вторинну структуру типу «шпилька». Цей структурний мотив є сигналом для трансляційного апарату клітини завдяки якому під час біосинтезу білка стоп-кодон UGA розпізнається як смисловий кодон селеноцистеїну. SECIS-елементи необхідні для правильної трансляції мРНК що кодують селен-вмісні білки, тобто такі білки що містять один або більше залишків селеноцистеїну. У бактерій SECIS-елемент розташований поруч із UGA-кодоном на який він впливає. У архей та еукаріот цей елемент розташований в 3'-нетрансльованій ділянці (3'-UTR) мРНК та може впливати одразу на декілька UGA-кодонів в мРНК. Один SECIS-елемент у архей Methanococcus був знайдений в 5' UTR. SECIS-елемент має характерну вторинну структуру типу «шпилька» яка утворюється завдяки формуванню пар комплементарних основ. SECIS-елементи еукаріот мають у своєму складі неканонічні пари основ A-G, які є важливими для правильного функціонування всієї структури. Хоча еукаріотичні, архейні та бактеріальні SECIS-елементи мають однотипну вторинну структуру, конкретні нуклеотидні послідовності дуже сильно відрізняються. Були створені комп'ютерні програми для пошуку SECIS-елементів у відсеквенованих геномних послідовностях, що стало новим інструментом для пошуку селенопротеїнів in silico.
rdf:langString
RF00031
xsd:nonNegativeInteger
7362