Random amplification of polymorphic DNA
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RAPD (vyslovováno "rapid", zkratka z angl. Random Amplification of Polymorphic DNA, česky náhodná amplifikace polymorfní DNA) je metoda založená na PCR. Pokrývá variabilitu napříč celými zkoumanými genomy, zároveň nevyžaduje jejich předchozí znalost ani speciálně navržené primery, či hybridizační , proto nalezla četné uplatnění v populačně-genetických a fylogenetických studiích (zejm. u nemodelových taxonů), či při výzkumu mikrobiální diverzity. Největší rozmach zaznamenala v 90. letech, posléze ji částečně nahradily modernější metody, jako je analýza mikrosatelitů, případně přímá sekvenace DNA.
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Hazarda amplifiko de multeforma DNA estas tekniko kiu ebligas amplifi envitre DNA.Ĝi estas aplikado de PĈR.Gia kutima nomo estas RAPD (laŭ la angla lingvo ramdom amplification of polymorphic DNA).
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Acak Polimorfisme DNA merupakan satu jenis penanda molekular yang banyak dipakai dalam penelitian dan diagnostik biologi molekular. Penanda ini lebih dikenal sebagai RAPD (biasa dipanggil rapid), singkatan dari Random Amplification of Polymorphic DNA. Sebagai penanda genetik, RAPD dikenal sebagai penanda yang relatif murah dan tidak memerlukan keterampilan teknis yang tinggi. Penanda ini bersifat , dalam arti, ia dapat membedakan kelas genotipe dari kelas-kelas genotipe yang lain. RAPD memerlukan teknik PCR dan elektroforesis gel dalam penerapannya. Kelemahan RAPD yang sangat dikenal adalah dapat memberikan hasil yang berbeda-beda apabila diulang, sehingga dianggap kurang handal (reliable), khususnya bagi keperluan diagnostik, seperti sidik jari DNA.
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L'amplification aléatoire d'ADN polymorphe, plus connue sous le nom de RAPD (pour random amplified polymorphic DNA) est une technique d'analyse de l'ADN utilisée en biologie moléculaire.
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La amplificación aleatoria de ADN polimórfico, más conocida por el acrónimo inglés RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA), es un tipo de marcador molecular basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los fragmentos de ADN obtenidos por medio de esta técnica se amplifican en regiones aleatorias del genoma ya que los iniciadores o cebadores de la reacción son secuencias arbitrarias de ADN sintético. Es una de las técnicas más versátiles desde que se desarrolló en el año 1990. Es muy cómoda, rápida, requiere poco ADN que además no necesita estar muy puro, no presupone conocimientos previos sobre la secuencia, y se pueden distinguir rápida y simultáneamente muchos organismos. Sus inconvenientes son que los fragmentos amplificados no suelen corresponder a ADN ligado a algún
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RAPD (sprich rapid) ist die Abkürzung für engl. randomly amplified polymorphic DNA, zu deutsch zufällig vervielfältigte polymorphe DNA. RAPD ist eine besondere Form der Polymerase-Kettenreaktion. Die Methode wurde erstmals 1990 von Williams et al. beschrieben.
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Random amplification of polymorphic DNA (RAPD), pronounced "rapid", is a type of polymerase chain reaction (PCR), but the segments of DNA that are amplified are random. The scientist performing RAPD creates several arbitrary, short primers (10- 12 nucleotides), then proceeds with the PCR using a large template of genomic DNA, hoping that fragments will amplify. By resolving the resulting patterns, a semi-unique profile can be gleaned from an RAPD reaction.
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RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) è un tipo di PCR in cui i segmenti di DNA amplificati sono scelti casualmente. Per eseguire una RAPD, si costruiscono un certo numero di primer brevi (8–12 nucleotidi) a composizione arbitraria e si procede alla reazione di amplificazione usando come stampo un lungo tratto di DNA genomico. Nel caso in cui i primer riescano ad associarsi al DNA, l'amplificazione produrrà una serie di frammenti che, interpretati, permetteranno di approssimare un profilo semi-individuale dell'organismo in analisi.
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RAPD
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RAPD
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Hazarda amplifiko de multeforma DNA
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Amplificación aleatoria de ADN polimórfico
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Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA
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Amplification aléatoire d'ADN polymorphe
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RAPD
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Random amplification of polymorphic DNA
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RAPD (vyslovováno "rapid", zkratka z angl. Random Amplification of Polymorphic DNA, česky náhodná amplifikace polymorfní DNA) je metoda založená na PCR. Pokrývá variabilitu napříč celými zkoumanými genomy, zároveň nevyžaduje jejich předchozí znalost ani speciálně navržené primery, či hybridizační , proto nalezla četné uplatnění v populačně-genetických a fylogenetických studiích (zejm. u nemodelových taxonů), či při výzkumu mikrobiální diverzity. Největší rozmach zaznamenala v 90. letech, posléze ji částečně nahradily modernější metody, jako je analýza mikrosatelitů, případně přímá sekvenace DNA.
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RAPD (sprich rapid) ist die Abkürzung für engl. randomly amplified polymorphic DNA, zu deutsch zufällig vervielfältigte polymorphe DNA. RAPD ist eine besondere Form der Polymerase-Kettenreaktion. Die Methode wurde erstmals 1990 von Williams et al. beschrieben. Bei der RAPD werden kurze Primer mit einer Länge von 8 bis 12 Nukleotiden verwendet, die zufällig erzeugt wurden. Aus genomischer DNA vervielfältigen sich dann nur DNA-Sequenzbereiche, die von der Sequenz des Primers eingeschlossen werden. Mit geeigneten Primern ergeben sich in der Elektrophorese individuelle Bandenmuster, die es erlauben, die Erbsubstanz unterschiedlicher Lebewesen zu vergleichen, ohne diese im Detail zu kennen. Es sind also keine aufwendigen Sequenzierungen erforderlich. In der Praxis dient das Verfahren für Untersuchungen der phylogenetischen Verwandtschaft von Tier- und Pflanzenarten.
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Hazarda amplifiko de multeforma DNA estas tekniko kiu ebligas amplifi envitre DNA.Ĝi estas aplikado de PĈR.Gia kutima nomo estas RAPD (laŭ la angla lingvo ramdom amplification of polymorphic DNA).
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La amplificación aleatoria de ADN polimórfico, más conocida por el acrónimo inglés RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA), es un tipo de marcador molecular basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los fragmentos de ADN obtenidos por medio de esta técnica se amplifican en regiones aleatorias del genoma ya que los iniciadores o cebadores de la reacción son secuencias arbitrarias de ADN sintético. Es una de las técnicas más versátiles desde que se desarrolló en el año 1990. Es muy cómoda, rápida, requiere poco ADN que además no necesita estar muy puro, no presupone conocimientos previos sobre la secuencia, y se pueden distinguir rápida y simultáneamente muchos organismos. Sus inconvenientes son que los fragmentos amplificados no suelen corresponder a ADN ligado a algún carácter, sino redundante, y que no da información sobre el número de copias que el ADN genómico contiene de la secuencia amplificada. Esta tecnología ha sido utilizada para análisis de diversidad genética, mejoramiento genético, y diferenciación de líneas clonales.
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Random amplification of polymorphic DNA (RAPD), pronounced "rapid", is a type of polymerase chain reaction (PCR), but the segments of DNA that are amplified are random. The scientist performing RAPD creates several arbitrary, short primers (10- 12 nucleotides), then proceeds with the PCR using a large template of genomic DNA, hoping that fragments will amplify. By resolving the resulting patterns, a semi-unique profile can be gleaned from an RAPD reaction. No knowledge of the DNA sequence of the targeted genome is required, as the primers will bind somewhere in the sequence, but it is not certain exactly where. This makes the method popular for comparing the DNA of biological systems that have not had the attention of the scientific community, or in a system in which relatively few DNA sequences are compared (it is not suitable for forming a cDNA databank). Because it relies on a large, intact DNA template sequence, it has some limitations in the use of degraded DNA samples. Its resolving power is much lower than targeted, species-specific DNA comparison methods, such as short tandem repeats. In recent years, RAPD has been used to characterize, and trace, the phylogeny of diverse plant and animal species.
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Acak Polimorfisme DNA merupakan satu jenis penanda molekular yang banyak dipakai dalam penelitian dan diagnostik biologi molekular. Penanda ini lebih dikenal sebagai RAPD (biasa dipanggil rapid), singkatan dari Random Amplification of Polymorphic DNA. Sebagai penanda genetik, RAPD dikenal sebagai penanda yang relatif murah dan tidak memerlukan keterampilan teknis yang tinggi. Penanda ini bersifat , dalam arti, ia dapat membedakan kelas genotipe dari kelas-kelas genotipe yang lain. RAPD memerlukan teknik PCR dan elektroforesis gel dalam penerapannya. Kelemahan RAPD yang sangat dikenal adalah dapat memberikan hasil yang berbeda-beda apabila diulang, sehingga dianggap kurang handal (reliable), khususnya bagi keperluan diagnostik, seperti sidik jari DNA.
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L'amplification aléatoire d'ADN polymorphe, plus connue sous le nom de RAPD (pour random amplified polymorphic DNA) est une technique d'analyse de l'ADN utilisée en biologie moléculaire.
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RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) è un tipo di PCR in cui i segmenti di DNA amplificati sono scelti casualmente. Per eseguire una RAPD, si costruiscono un certo numero di primer brevi (8–12 nucleotidi) a composizione arbitraria e si procede alla reazione di amplificazione usando come stampo un lungo tratto di DNA genomico. Nel caso in cui i primer riescano ad associarsi al DNA, l'amplificazione produrrà una serie di frammenti che, interpretati, permetteranno di approssimare un profilo semi-individuale dell'organismo in analisi. Nessuna conoscenza della sequenza di DNA del genoma di interesse è richiesta, poiché i primer legheranno in un qualsiasi punto della sequenza, sebbene non si avrà la certezza di quale sia il sito di legame. Ciò rende questo metodo popolare per comparare il DNA di organismi che non sono particolarmente studiati dalla comunità scientifica. Poiché bisogna massimizzare le probabilità di associazione tra i primer e lo stampo, la RAPD presenta alcune limitazioni qualora si usi un campione di DNA degradato. Inoltre, il suo potere di risoluzione è decisamente più basso di quello di metodi mirati di analisi comparativa del DNA bersaglianti sequenze specie-specifiche come l'analisi dei microsatelliti. Negli ultimi anni la RAPD è stata utilizzata per caratterizzare e tracciare la filogenesi di numerose specie sia animali che vegetali.
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