Molecular replacement
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分子置換(ぶんしちかん、英: molecular replacement、略称: MR)は、X線結晶構造解析におけるを解決する手法である。MRは、回折データの元となる未知の構造に類似した、既に構造が解かれたタンパク質構造が存在することを前提とする。このような構造は、相同性のあるタンパク質であったり、同じであったりする。 結晶学者の最初の目標は、電子密度マップを得ることである。密度と回折波の関係は以下の通りである。 通常の検出器では、強度を測定しているので、位相に関する情報()はすべて失われてしまう。そして、位相()がなければ、X線結晶構造解析の実験データ(逆格子空間)と、原子モデルが組み込まれている実空間の電子密度との間の示されたフーリエ変換が完成しないことになる。MRは、既知の構造の中で最も実験強度にフィットするモデルを見つけようとする。
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Molecular replacement (or MR) is a method of solving the phase problem in X-ray crystallography. MR relies upon the existence of a previously solved protein structure which is similar to our unknown structure from which the diffraction data is derived. This could come from a homologous protein, or from the lower-resolution protein NMR structure of the same protein. The first goal of the crystallographer is to obtain an electron density map, density being related with diffracted wave as follows:
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分子置換
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Molecular replacement
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Molecular replacement (or MR) is a method of solving the phase problem in X-ray crystallography. MR relies upon the existence of a previously solved protein structure which is similar to our unknown structure from which the diffraction data is derived. This could come from a homologous protein, or from the lower-resolution protein NMR structure of the same protein. The first goal of the crystallographer is to obtain an electron density map, density being related with diffracted wave as follows: With usual detectors the intensity is being measured, and all the information about phase is lost. Then, in the absence of phases (Φ), we are unable to complete the shown Fourier transform relating the experimental data from X-ray crystallography (in reciprocal space) to real-space electron density, into which the atomic model is built. MR tries to find the model which fits best experimental intensities among known structures.
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分子置換(ぶんしちかん、英: molecular replacement、略称: MR)は、X線結晶構造解析におけるを解決する手法である。MRは、回折データの元となる未知の構造に類似した、既に構造が解かれたタンパク質構造が存在することを前提とする。このような構造は、相同性のあるタンパク質であったり、同じであったりする。 結晶学者の最初の目標は、電子密度マップを得ることである。密度と回折波の関係は以下の通りである。 通常の検出器では、強度を測定しているので、位相に関する情報()はすべて失われてしまう。そして、位相()がなければ、X線結晶構造解析の実験データ(逆格子空間)と、原子モデルが組み込まれている実空間の電子密度との間の示されたフーリエ変換が完成しないことになる。MRは、既知の構造の中で最も実験強度にフィットするモデルを見つけようとする。
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