Long branch attraction

rdf:langString Atracción de ramas largas

rdf:langString La atracción de ramas largas (LBA) es un error metodológico que se produce en los análisis de filogenia molecular cuando grupos que han evolucionado rápidamente son colocados erróneamente en la base de los árboles filogenéticos. El error es muy común cuando la evolución de un gen no ha seguido un modelo de reloj molecular y tiende a registrarse cuando se mide con el método de , cuando se recodifican los datos o se quitan especies de evolución más rápida. Este método, como otros que se rigen por un sistema de puntuación, no es capaz de diferenciar un gran cambio repentino de una divergencia evolutiva ancestral. La atracción de ramas largas se produce comúnmente en linajes que se separaron más tempranamente que en linajes que se separaron más recientemente.​ Este error ocurre porque la saturación de las secuencias, la homoplasia y la heterogeneidad composicional no se miden bien en el análisis. Esto produce que las sustituciones paralelas (convergentes) en secuencias de evolución rápida se malinterpreten como caracteres derivados (compartidos) que pueden dar lugar a graves errores topológicos y provoca que los linajes de rápida evolución se coloquen en posición basal o con un grupo externo altamente divergente. Aunque no está bien estudiado, se sabe que la heterogeneidad composicional causa que los linajes de rápida evolución se agrupen así en los árboles debido a la composición en las secuencias de cobertura.​ Se han propuesto una serie de estrategias para tratar la atracción de ramas largas y la heterogeneidad composicional entre secuencias, usando métodos que incorporen ritmos diferentes de probabilidad entre linajes (máxima parsimonia, por ejemplo), eliminando los sitios que evolucionan rápidamente, recodificando los datos con un alfabeto reducido, quitando grupos externos distantes o rompiendo las ramas largas agregando especies de evolución más lenta.​​ La máxima parsimonia puede considerarse un buen método para los análisis moleculares pero últimamente la mayoría de los especialistas han decidido emplear métodos de inferencia probabilistas (por ejemplo, inferencia bayesiana) que pueden resultar más adecuados que los enfoques de parsimonia. Por ejemplo, los microsporidios han simplificado extremadamente su ARNr haciendo que sus secuencias parezcan más divergentes comparadas con las de sus parientes próximos. Esto provoca que en los árboles filogenéticos realizados sin tomar en cuenta los métodos mencionados aparezcan como un grupo eucariota muy primitivo mientras que los demás análisis los muestran como un grupo derivado de los hongos. La agrupación de animales espiralios "Platyzoa" que une a los platelmintos, gastrotricos y gnatiferos de evolución rápida es un ejemplo de como los linajes de evolución rápida pueden agruparse entre sí con un grupo externo divergente. Así, la interpretación de los datos tiene que realizarse con precaución. Un ejemplo muy conocido de este error es el que hizo que Carl Woese sugiriera en su sistema de los tres dominios que los eucariotas eran uno de los clados más antiguos de la naturaleza junto con las arqueas y bacterias, lo que se sabe que es posible tanto sobre la base de análisis morfológicos como paleontológicos y análisis moleculares recientes con métodos mejorados que los eucariotas por lo general derivan de las arqueas y no pudieron haber aparecido más tempranamente.​