FASTA
http://dbpedia.org/resource/FASTA an entity of type: Thing
هذه المقالة هي عن مجموعة برامج فاستا. لأجل صيغة الملف، أنظر صيغة فاستا.فاستا هو مجموعة برامج الحمض النووي والتراصف التسلسلي للبروتين وصفت لأوّل مرّة (FASTP) من قبل في عام 1985.
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Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von und als FASTP für Proteine entwickelt. Das Programm wurde 1988 auf Nukleotide erweitert. FASTA sucht nach Ähnlichkeiten zwischen Sequenzen oder vergleicht eine gegebene Sequenz mit einer Sequenz-Datenbank. Die Speicherung der Sequenzdaten erfolgt im FASTA-Format. Eine Anwendung findet der Algorithmus beispielsweise beim SIMAP-Projekt.
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FASTA is a DNA and protein sequence alignment software package first described by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985. Its legacy is the FASTA format which is now ubiquitous in bioinformatics.
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FASTA es un paquete de software para el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas inicialmente descrito como FASTP por David J. Lipman y en 1985. Su legado es el Formato FASTA el cual es ahora muy popular en Bioinformática.
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FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par en 1988. Au fil de son développement, il est devenu une suite de programmes, étendant ainsi ses possibilités en termes d'alignement. FASTA est le descendant du programme publié par et en 1985. Un des héritages de ce programme est le format de fichier FASTA qui est devenu un format standard en bioinformatique.
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FASTA é um pacote de software para alinhamento de seqüências de ADN e proteínas descrito primeiramente (como FASTP) por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985. O formato de arquivo definido pelo FASTA é um dos principais formatos utilizados para armazenamento de sequências biológicas.
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FASTA és un programa informàtic d'alineament d'àcids desoxiribonucleics (ADN) i proteïnes descrit inicialment com a FASTP per i el 1985 en l'article Rapid and sensitive protein similarity searches. Inicialment, el programa original FASTP estava dissenyat per comparar seqüències proteïques, però més endavant, el programa FASTA, descrit el 1988 va afegir la possibilitat de fer cerques ADN:ADN i proteïna:ADN, i va incorporar un mòdul addicional per a càlcular més acuradament el valor estadístic de cada comparació.
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FASTA je sada programů umožňující alignment (srovnávání) sekvencí DNA a proteinů. FASTA je zkratka od slovního spojení „fast alignment“. FASTA programy za využití rychlých, heuristických metod umožňují vyhledat podobné úseky v sekvencích srovnáváním dotazované sekvence se sekvencemi v proteinových a DNA databázích. Další programy poskytují informace o statistické významnosti alignementu. FASTA se využívá například k odvození funkčních a evolučních vztahů mezi sekvencemi nebo k identifikaci členů genové rodiny.
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FASTA は、DNA の塩基配列とタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアラインメントを行うための、バイオインフォマティクスのソフトウェアパッケージである。 FASTA と同様にシーケンスアライメントを行うためのソフトウェアとして、BLAST なども知られる。 最初のバージョンは FASTP という名前であり、デヴィッド・J・リップマンとウィリアム・R・ピアスンが、1985年に開発して論文を発表した。 当初はタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスデータベースに対して、アミノ酸配列の類似性 (similarity) の検索を行うように設計された。FASTA の1988年のバージョンでは、DNAの塩基配列の類似性を検索する機能が加えられた。FASTA は FASTP よりも精巧なアルゴリズムで処理を行い、統計上の有意性を評価する。FASTA ソフトウェアパッケージには、タンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列のアライメントを行うための、いくつかのプログラムが含まれている。 FASTA は、"FAST-Aye"（ファストエー）と発音する。FASTA は、"FAST-P"（Protein; タンパク質）アライメント と "FAST-N"（Nucleotide; ヌクレオチド）アライメント の総称である、"FAST-All" を意味している。
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فاستا
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FASTA
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FASTA
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FASTA
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FASTA-Algorithmus
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FASTA
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FASTA (programme informatique)
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FASTA
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FASTA
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FASTA
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FASTA
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David J. Lipman
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William R. Pearson
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apache2.0
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Linux
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Mac
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MS-Windows
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UNIX
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هذه المقالة هي عن مجموعة برامج فاستا. لأجل صيغة الملف، أنظر صيغة فاستا.فاستا هو مجموعة برامج الحمض النووي والتراصف التسلسلي للبروتين وصفت لأوّل مرّة (FASTP) من قبل في عام 1985.
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FASTA és un programa informàtic d'alineament d'àcids desoxiribonucleics (ADN) i proteïnes descrit inicialment com a FASTP per i el 1985 en l'article Rapid and sensitive protein similarity searches. Inicialment, el programa original FASTP estava dissenyat per comparar seqüències proteïques, però més endavant, el programa FASTA, descrit el 1988 va afegir la possibilitat de fer cerques ADN:ADN i proteïna:ADN, i va incorporar un mòdul addicional per a càlcular més acuradament el valor estadístic de cada comparació. El programa FASTA es pot obtenir de fasta.bioch.virginia.edu o es poden fer cerques a través de la web.
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FASTA je sada programů umožňující alignment (srovnávání) sekvencí DNA a proteinů. FASTA je zkratka od slovního spojení „fast alignment“. FASTA programy za využití rychlých, heuristických metod umožňují vyhledat podobné úseky v sekvencích srovnáváním dotazované sekvence se sekvencemi v proteinových a DNA databázích. Další programy poskytují informace o statistické významnosti alignementu. FASTA se využívá například k odvození funkčních a evolučních vztahů mezi sekvencemi nebo k identifikaci členů genové rodiny. O programu FASTA jeho tvůrci prohlašují, že se jedná o nejen vysoce selektivní ale zároveň rychlý bioinformatický nástroj. FASTA dokáže získat výsledky s použitím databáze s 2,5 miliony záznamů za méně než 20 minut, což je pozitivní změna oproti programům na bázi NWS. (Naopak metoda BLAST je rychlejší). Sensitivita je dána zejména použitím skórovací tabulky PAM250. Autoři přímo upozorňují, že výsledky získané pomocí programu FASTA nemusejí být vždy jednoznačné a je vždy potřeba je kriticky analyzovat. S tím, jak se metody alignmentu stávají více sensitivní, tím častěji u nich může docházet k chybám.
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Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von und als FASTP für Proteine entwickelt. Das Programm wurde 1988 auf Nukleotide erweitert. FASTA sucht nach Ähnlichkeiten zwischen Sequenzen oder vergleicht eine gegebene Sequenz mit einer Sequenz-Datenbank. Die Speicherung der Sequenzdaten erfolgt im FASTA-Format. Eine Anwendung findet der Algorithmus beispielsweise beim SIMAP-Projekt.
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FASTA is a DNA and protein sequence alignment software package first described by David J. Lipman and William R. Pearson in 1985. Its legacy is the FASTA format which is now ubiquitous in bioinformatics.
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FASTA es un paquete de software para el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas inicialmente descrito como FASTP por David J. Lipman y en 1985. Su legado es el Formato FASTA el cual es ahora muy popular en Bioinformática.
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FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par en 1988. Au fil de son développement, il est devenu une suite de programmes, étendant ainsi ses possibilités en termes d'alignement. FASTA est le descendant du programme publié par et en 1985. Un des héritages de ce programme est le format de fichier FASTA qui est devenu un format standard en bioinformatique.
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FASTA は、DNA の塩基配列とタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスアラインメントを行うための、バイオインフォマティクスのソフトウェアパッケージである。 FASTA と同様にシーケンスアライメントを行うためのソフトウェアとして、BLAST なども知られる。 最初のバージョンは FASTP という名前であり、デヴィッド・J・リップマンとウィリアム・R・ピアスンが、1985年に開発して論文を発表した。 当初はタンパク質のアミノ酸配列のシーケンスデータベースに対して、アミノ酸配列の類似性 (similarity) の検索を行うように設計された。FASTA の1988年のバージョンでは、DNAの塩基配列の類似性を検索する機能が加えられた。FASTA は FASTP よりも精巧なアルゴリズムで処理を行い、統計上の有意性を評価する。FASTA ソフトウェアパッケージには、タンパク質のアミノ酸配列やDNAの塩基配列のアライメントを行うための、いくつかのプログラムが含まれている。 FASTA は、"FAST-Aye"（ファストエー）と発音する。FASTA は、"FAST-P"（Protein; タンパク質）アライメント と "FAST-N"（Nucleotide; ヌクレオチド）アライメント の総称である、"FAST-All" を意味している。 FASTA ソフトウェアパッケージの現在のバージョンでは、次のようなことができる。なお、シーケンスデータベースに与える検索のシーケンスをクエリーという。
* 塩基配列クエリーで塩基配列データベースを検索
* 塩基配列クエリーをアミノ酸配列に翻訳してアミノ酸配列データベースを検索
* アミノ酸配列クエリーでアミノ酸配列データベースを検索
* アミノ酸配列クエリーで塩基配列データベース（アミノ酸配列に翻訳）を検索
* 複数のペプチド（短いペプチド鎖）をクエリーとしてアミノ酸配列データベースを検索 フレームシフト突然変異を考慮した検索も可能である。Smith-Watermanアルゴリズムを実装した SSEARCH でのシーケンスデータベースの検索・比較をすることもできる（処理速度は遅くなる）。 FASTA ソフトウェアパッケージの主な用途は、類似性の精密な統計値を計算することである。類似性の統計値を計算することにより、生物学者は、どのアライメントが妥当性が高いかを判断することや、相同性 (homology) を推測することができる。 FASTA ソフトウェアパッケージは、ヴァージニア大学のFTPサーバから提供されている。
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FASTA é um pacote de software para alinhamento de seqüências de ADN e proteínas descrito primeiramente (como FASTP) por David J. Lipman e William R. Pearson em 1985. O formato de arquivo definido pelo FASTA é um dos principais formatos utilizados para armazenamento de sequências biológicas.
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