CpG island

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CpGアイランドとは、シトシンの次にグアニンが現れるタイプの2塩基配列であるCpGサイトの出現頻度が、ゲノム中で他と比べ高い領域のことである。CpGの「p」の文字は、シトシンとグアニンの間のホスホジエステル結合を表している。哺乳類の遺伝子のうち40%近くが、プロモーター内部もしくはその近傍にCpGアイランドを含んでいるとされる。(ヒトの遺伝子のプロモーターでは約70%)。 rdf:langString
CpG島(CpG islands)是指DNA上一個區域,此區域含有大量相聯的胞嘧啶(C)、鳥嘌呤(G),以及使兩者相連的(p)。哺乳類基因中的啟動子上,含有約40%的CpG島(人類約70%)。一般CpG島的長度約300到3000個鹼基對(bp)。 常用的正式定義是指一個至少含有200bp的區域,其中GC所佔比例超過50%,且CpG的觀察值/預測值比例必須高於0.6。此部份的CpG島與基因相連,可用來作為限制酶的辨識位置。 几乎管家基因都含有CpG岛;一般位于基因的5’端区域;大多数CpG岛是甲基化的(70%~80%);CpG岛中的核小体中H1含量低,其他组蛋白被广泛乙酰化,并具有超敏感位点;未甲基化CpG岛可能说明基因具有潜在活性。 rdf:langString
Les illes CpG són regions d'ADN que es troben aproximadament en un 40% dels promotors dels gens dels mamífers (en un 70% dels humans). Són regions en les que existeix una gran concentració de parells de citosines i guanines enllaçats per fosfats. La "p" de CpG representa que estan enllaçats per un fosfat. Al diferència dels de la regió codificant d'un gen, en la majoria dels casos, les illes CpG estan desmetilats si els gens estan expressats. Aquesta observació comporta l'especulació de si la metilació de les illes CpG en els promotors dels gens poden inhibir l'expressió d'un gen. rdf:langString
CpG-Inseln (engl. CpG islands, abgekürzt CGIs, gelegentlich auch als CG-Inseln bzw. CG islands bezeichnet) sind Regionen im Genom von Eukaryoten mit statistisch erhöhter CpG-Dinukleotid-Dichte. Diese Dichte wird auf die Einzelnukleotid- und Dinukleotidfrequenzen im gesamten betrachteten Genomausschnitt bezogen. CpG-Inseln entstehen durch Mechanismen, die mit der Nutzung der Erbsubstanz als Informationsträger zu tun haben. Dadurch sind CpG-Inseln wichtige Markierungen, die z. B. für die Genetik, Medizin und Bioinformatik Bedeutung haben. rdf:langString
Islas CpG son regiones de ADN y conforman aproximadamente un 40% de promotores de los genes de mamíferos. Son regiones donde existe una gran concentración de pares de citosina y guanina enlazados por fosfatos. La "p" en CpG representa que están enlazados por un fosfato. En otros casos son de sitios de CpG ubicados en la región codificante de un gen, en la mayoría de los casos, la citosina en las islas CpG están desmetilados si los genes están expresándose. Esta observación conlleva a la especulación de que la metilación de los sitios CpG en los promotores de los genes puede inhibir la expresión de un gen. Cambiando tipos y soluciones rdf:langString
Le isole CpG sono regioni genomiche che contengono un'elevata densità di siti CpG. Nei genomi dei mammiferi, la lunghezza di un'isola CpG è generalmente compresa tra le 300 e le 3.000 paia di basi. Si trovano all'interno e nelle vicinanze di circa il 40% dei promotori dei geni di mammifero. Nell'uomo approssimativamente il 70% dei promotori ha un alto contenuto di CpG. Data la frequenza di GC comunque, il numero di dinucleotidi CpG è molto più basso del previsto. La "p" nella notazione CpG si riferisce al legame fosfodiesterico tra la citosina e la guanina.La definizione formale canonica di isola CpG è: regione di almeno 200 bp con una percentuale di GC maggiore del 50% e con un rapporto di CpG osservati/attesi maggiore del 60%. Un recente studio ha apportato delle modifiche a questi param rdf:langString
CpG-eilanden (engl.: CpG islands) zijn gebieden in het genoom van Eukaryoten met een statistisch hogere CpG-dinucleotidedichtheid. De dichtheid heeft betrekking op het voorkomen van nucleotiden- en dinucleotiden in het totale genoomgedeelte. CpG betekent Cytosin-phosphatidyc-Guanin. De p (in het Nederlands f van fosfaat) wordt aangegeven om beter onderscheid te kunnen maken tussen het CG-gehalte van een DNA-streng en de CG-basenparing van een DNA-dubbelstreng. De p staat hier voor de fosfodi-esterbinding tussen de nucleosiden cytidine en guanosine. Een CpG-plaats (CpG-dinucleotide) is een gebied waar een cytosine gevolgd wordt door een guanine in de 5' → 3' richting. CpG-eilanden zijn DNA-gedeelten met een lengte van de van 0,5 kb tot 2 kb basenparen en die een verhoogd GC-gehalte hebben rdf:langString
Wyspy CpG – regiony w genomie o podwyższonej zawartości dinukleotydów 5’–CpG–3’ w stosunku do przeciętnej dla całego genomu. Regiony te mają rozmiar powyżej 200 pz (średnio 1000 pz) i powyżej 50%. W obrębie wysp CpG zawartość dinukleotydu CG wynosi około 60–70%; poza nimi dinukleotydy te w DNA ssaków występują rzadko, zajmują około 1% genomu. Takie wyspy występują przed ok. 60–70% genów człowieka w regionach promotorowych. Zlokalizowanie takich sekwencji w DNA kręgowców pozwala założyć, że najprawdopodobniej tuż za nią zaczyna się gen. rdf:langString
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rdf:langString Les illes CpG són regions d'ADN que es troben aproximadament en un 40% dels promotors dels gens dels mamífers (en un 70% dels humans). Són regions en les que existeix una gran concentració de parells de citosines i guanines enllaçats per fosfats. La "p" de CpG representa que estan enllaçats per un fosfat. Al diferència dels de la regió codificant d'un gen, en la majoria dels casos, les illes CpG estan desmetilats si els gens estan expressats. Aquesta observació comporta l'especulació de si la metilació de les illes CpG en els promotors dels gens poden inhibir l'expressió d'un gen. La definició formal d'una illa CpG és una regió amb almenys 200 pb i amb un percentatge de GC més gran de 50 i amb una mitjana de CpG observat/esperat més gran de 0.6.
rdf:langString CpG-Inseln (engl. CpG islands, abgekürzt CGIs, gelegentlich auch als CG-Inseln bzw. CG islands bezeichnet) sind Regionen im Genom von Eukaryoten mit statistisch erhöhter CpG-Dinukleotid-Dichte. Diese Dichte wird auf die Einzelnukleotid- und Dinukleotidfrequenzen im gesamten betrachteten Genomausschnitt bezogen. „CpG“ bezeichnet ein Zwei-Basen-Sequenzmotiv. Das „p“ (für Phosphorsäure oder bei einem pH-Wert von 7 Phosphat) wird häufig mit angegeben, um z. B. besser zwischen dem hier gemeinten CG innerhalb eines DNA-Strangs und der CG-Basenpaarung eines DNA-Doppelstranges zu unterscheiden (siehe CpG-Stelle). Typische Definitionen für eine CpG-Insel verlangen einen Genomabschnitt von mindestens 400 bis 500 bp Länge, der einen durchschnittlichen G+C-Gehalt von mindestens 50 % aufweist und in dem ein CpG-Verhältnis (beobachtet zu erwartet) von mindestens 60 % vorliegt. Der GC-Gehalt des menschlichen Gesamtgenoms liegt beispielsweise bei ungefähr 42 % und ist somit deutlich geringer als der in den CpG-Inseln. CpG-Inseln entstehen durch Mechanismen, die mit der Nutzung der Erbsubstanz als Informationsträger zu tun haben. Dadurch sind CpG-Inseln wichtige Markierungen, die z. B. für die Genetik, Medizin und Bioinformatik Bedeutung haben. Sie sind nicht zu verwechseln mit der GC-Box, die 60–100 bp vor Beginn des Transkripts liegt.
rdf:langString Islas CpG son regiones de ADN y conforman aproximadamente un 40% de promotores de los genes de mamíferos. Son regiones donde existe una gran concentración de pares de citosina y guanina enlazados por fosfatos. La "p" en CpG representa que están enlazados por un fosfato. En otros casos son de sitios de CpG ubicados en la región codificante de un gen, en la mayoría de los casos, la citosina en las islas CpG están desmetilados si los genes están expresándose. Esta observación conlleva a la especulación de que la metilación de los sitios CpG en los promotores de los genes puede inhibir la expresión de un gen. Cambiando tipos y soluciones La definición formal de una isla CpG es una región de tamaño igual o superior a 500 pb y con un porcentaje de GC mayor de 50 y con un promedio de CpG observado/esperado mayor de 0,6. Gracias a estas regiones podemos identificar dos tipos de genes: genes constitutivos o "housekeeping" (70% de los genes del genoma), cuyo promotor tiene un promedio de CpG en torno al 0,61; y genes que se expresan en tejidos específicos (30% de los genes) que tienen un promedio de CpG en torno al 0,23.
rdf:langString CpGアイランドとは、シトシンの次にグアニンが現れるタイプの2塩基配列であるCpGサイトの出現頻度が、ゲノム中で他と比べ高い領域のことである。CpGの「p」の文字は、シトシンとグアニンの間のホスホジエステル結合を表している。哺乳類の遺伝子のうち40%近くが、プロモーター内部もしくはその近傍にCpGアイランドを含んでいるとされる。(ヒトの遺伝子のプロモーターでは約70%)。
rdf:langString CpG-eilanden (engl.: CpG islands) zijn gebieden in het genoom van Eukaryoten met een statistisch hogere CpG-dinucleotidedichtheid. De dichtheid heeft betrekking op het voorkomen van nucleotiden- en dinucleotiden in het totale genoomgedeelte. CpG betekent Cytosin-phosphatidyc-Guanin. De p (in het Nederlands f van fosfaat) wordt aangegeven om beter onderscheid te kunnen maken tussen het CG-gehalte van een DNA-streng en de CG-basenparing van een DNA-dubbelstreng. De p staat hier voor de fosfodi-esterbinding tussen de nucleosiden cytidine en guanosine. Een CpG-plaats (CpG-dinucleotide) is een gebied waar een cytosine gevolgd wordt door een guanine in de 5' → 3' richting. CpG-eilanden zijn DNA-gedeelten met een lengte van de van 0,5 kb tot 2 kb basenparen en die een verhoogd GC-gehalte hebben van meer dan 60 %. Het GC-gehalte van het hele genoom is 41 %. CpG-eilanden ontstaan door mechanismen, die te maken hebben met de exploitatie van het genenmateriaal als informatiedrager. Een stukje DNA met CpG plaatsen (CpG-dinucleotiden) op de ene streng en op de andere streng kan als volgt worden weergegeven: De C G onderelkaar is een basenparing. CpG-eilanden zijn belangrijke markeringen voor bijvoorbeeld de genetica, geneeskunde en bio-informatica.
rdf:langString Le isole CpG sono regioni genomiche che contengono un'elevata densità di siti CpG. Nei genomi dei mammiferi, la lunghezza di un'isola CpG è generalmente compresa tra le 300 e le 3.000 paia di basi. Si trovano all'interno e nelle vicinanze di circa il 40% dei promotori dei geni di mammifero. Nell'uomo approssimativamente il 70% dei promotori ha un alto contenuto di CpG. Data la frequenza di GC comunque, il numero di dinucleotidi CpG è molto più basso del previsto. La "p" nella notazione CpG si riferisce al legame fosfodiesterico tra la citosina e la guanina.La definizione formale canonica di isola CpG è: regione di almeno 200 bp con una percentuale di GC maggiore del 50% e con un rapporto di CpG osservati/attesi maggiore del 60%. Un recente studio ha apportato delle modifiche a questi parametri al fine di escludere altre regioni genomiche ricche di GC come le sequenze Alu. Tramite un'estensiva ricerca basata sulle intere sequenze dei cromosomi 21 e 22 dell'uomo, è stato accertato che le regioni di DNA che con maggior probabilità sono isole CpG associate al 5' dei geni sono più lunghe di 500 bp con un contenuto di GC >55% e con un rapporto di CpG osservati/attesi maggiore di 0,65.Le isole CpG sono caratterizzate da un numero di dinucleotidi CpG pari almeno al 60% del numero atteso secondo un'ipotetica distribuzione casuale (~4-6%), mentre il restante genoma è caratterizzato da una frequenza di CpG molto più bassa (~1%), per il fenomeno della . A differenza dei siti CpG nella regione codificante di un gene, i siti CpG nelle isole CpG dei promotori non sono metilati se i geni sono espressi. Questa osservazione ha portato alla formulazione dell'ipotesi secondo cui la metilazione dei siti CpG nel promotore di un gene possa inibire la sua espressione. La metilazione, così come la modificazione istonica, è un fenomeno di vitale importanza nell'imprinting.Le isole CpG tipicamente si trovano presso il sito d'inizio della trascrizione, soprattutto nei geni housekeeping. Normalmente una C (citosina) seguita da una G (guanina) (un CpG) è rara nel DNA dei vertebrati, in quanto la citosina in un sito di questo tipo tende a subire una metilazione. Questa metilazione solitamente aiuta a distinguere il filamento di DNA appena sintetizzato durante la replicazione, in quanto spesso presenta errori che devono ancora venire corretti. Ad ogni modo, in tempi evolutivi le C (citosine) metilate tendono a convertirsi in T (timine) a causa di una deaminazione spontanea. Sebbene nell'uomo esiste un enzima, la , che rimpiazza specificatamente le T in un misaccoppiamento T/G, la sua attività non è sufficientemente elevata da prevenire la relativamente rapida mutazione dei dinucleotidi. Il risultato è che i siti CpG sono abbastanza rari tranne nei casi in cui esista una pressione selettiva positiva che li mantenga non metilati per qualche ragione, forse per un meccanismo di regolazione dell'espressione genomica.
rdf:langString Wyspy CpG – regiony w genomie o podwyższonej zawartości dinukleotydów 5’–CpG–3’ w stosunku do przeciętnej dla całego genomu. Regiony te mają rozmiar powyżej 200 pz (średnio 1000 pz) i powyżej 50%. W obrębie wysp CpG zawartość dinukleotydu CG wynosi około 60–70%; poza nimi dinukleotydy te w DNA ssaków występują rzadko, zajmują około 1% genomu. Takie wyspy występują przed ok. 60–70% genów człowieka w regionach promotorowych. Zlokalizowanie takich sekwencji w DNA kręgowców pozwala założyć, że najprawdopodobniej tuż za nią zaczyna się gen. Cytozyna w wyspach CpG może być metylowana. Reakcja ta jest katalizowana jest przez metylotransferazy DNA. Występuje ona przede wszystkim u kręgowców – u bezkręgowców jak muszka D. melanogaster, nicień C. elegans czy drożdże S. cereviceae metylacja DNA występuje rzadko lub wcale. W ich przypadku dinukleotydy CG zwykle występują w całym genomie ze standardową częstotliwością, w związku z czym nie można wyróżnić wysp CpG, choć ich genom również może posiadać metylowane domeny. Metylowane cytozyny w genomach ssaków są podatne na deaminację i w konsekwencji przekształcenie w tyminę, co skutkuje mutacją. Jednak takie przekształcenia w obrębie wysp CpG są rzadsze w porównaniu z innymi regionami genomu. Metylacja wysp CpG w regionach promotorowych na ogół jest związana z wyciszaniem ekspresji genu i należy do mechanizmów epigenetycznych. Praktycznie przy wszystkich (ang. housekeeping genes) występują wyspy CpG. Geny te ulegają ekspresji we wszystkich komórkach i ich wyspy CpG nie są metylowane. Wyspy te są także niemetylowane przy specyficznych genach, w komórkach, dla których dana ekspresja jest cechą charakterystyczną. W innych typach komórek wyspy CpG przed takimi genami są metylowane, a przez to nie ulegają ekspresji. Wzór metylacji jest dziedziczony przez kolejne generacje komórek, co stanowi dla niej informację, które geny mają być transkrybowane i tłumaczone na białka, a które nie. Nukleotydy CG znajdujące się w genomie poza wyspami CpG są zazwyczaj metylowane. Nadmierna metylacja wysp CpG jest jedną z najwcześniejszych somatycznych zmian obserwowanych podczas rozwoju nowotworu. Niektóre zmiany w metylacji w obrębie wysp CpG są związanie ze starzeniem.
rdf:langString CpG島(CpG islands)是指DNA上一個區域,此區域含有大量相聯的胞嘧啶(C)、鳥嘌呤(G),以及使兩者相連的(p)。哺乳類基因中的啟動子上,含有約40%的CpG島(人類約70%)。一般CpG島的長度約300到3000個鹼基對(bp)。 常用的正式定義是指一個至少含有200bp的區域,其中GC所佔比例超過50%,且CpG的觀察值/預測值比例必須高於0.6。此部份的CpG島與基因相連,可用來作為限制酶的辨識位置。 几乎管家基因都含有CpG岛;一般位于基因的5’端区域;大多数CpG岛是甲基化的(70%~80%);CpG岛中的核小体中H1含量低,其他组蛋白被广泛乙酰化,并具有超敏感位点;未甲基化CpG岛可能说明基因具有潜在活性。
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